Da sempre gli uccelli sono stati gli animali più studiati dell'ecosistema Molentargius. Dall'analisi delle fonti bibliografiche disponibili e dei numerosi censimenti effettuati nell'area protetta anche su incarico della Regione Sardegna negli anni passati, si ha a disposizione oggi una accurata check list di tutti gli uccelli osservati nel territorio del Molentargius.

Dal 1850 ad oggi, nell'area del Molentargius sono state censite 230 specie ornitiche, appartenenti a 53 famiglie, di cui 148 specie non-Passeriformes.

Specie Alloctone

Occasionalmente sono state osservate tre specie aliene: il Fenicottero dei Caraibi Phoenicopterus ruber, l'Oca di Magellano Chloephaga picta e il Parrocchetto dal collare Psittacula krameri.